Управление реализацией Программы осуществляет Министерство сельского хозяйства и продовольствия, являющееся государственным заказчиком – координатором Программы.

Министерство сельского хозяйства и продовольствия обеспечивает согласованность действий по реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств республиканского бюджета, выполнению соглашений с регионами о финансировании за счет средств местных бюджетов и внебюджетных источников, взаимодействует с государственными заказчиками, ответственными за выполнение программных мероприятий.

Управление реализацией разделов Программы осуществляют государственные заказчики в соответствии с отраслевым принципом определения их функций совместно с Министерством сельского хозяйства и продовольствия на основе соглашения.

Ежегодно государственный заказчик – координатор Программы с участием заинтересованных республиканских органов государственного управления и облисполкомов подготавливает и
до 1 февраля каждого года вносит в Совет Министров Республики Беларусь отчет о ходе реализации Программы за прошедший год, который затем представляется на доклад Президенту Республики Беларусь.